愉快的假期来到，戴夫（杰森·李 Jason Lee 饰）带着花栗鼠艾尔文（贾斯汀·朗 Justin Long 配音）、西蒙（马修·格雷·古伯勒 Matthew Gray Gubler 配音）以及鼠姐妹登上豪华游轮，展开快乐自在的旅行。但是艾尔文他们玩的实在太High，在船上惹出不少的乱子，令戴夫颇为光火。顽皮的花栗鼠们玩耍风筝，谁知却令它们和戴夫以及老对头伊恩（David Cross 饰）一起坠入大海，漂流到一座荒岛之上。小家伙们在未知的丛林中展开了求生大冒险，与此同时还结识了美丽的女子佐伊（珍妮·斯蕾特 Jenny Slate 饰）。看似如天堂般的小岛，却隐藏着不为人知的秘密……

时空背景设定在2509年，地球不只与USG石村号（USG Ishimura）和伊萨克．克拉克失去了联系，同时也与派去救援他们的USB欧班农号（USB OBannon）失联。欧班农号上有四名船员存活了下来，但是没有人知道其他成员的下落，也没有人知道他们遇上了什么事情，更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切，全都将透过《余波》来揭晓

曾经作恶多端的大坏蛋麦克迈（威尔·法瑞尔 Will Ferrell 配音）在弃恶从善，化身为大都会的守卫者后，他当初发明出来的一系列邪恶道具再无用处。麦克迈灵机一动，举办了一次邪恶巢穴展销会，将恐怖泰迪熊、蜘蛛机器人、激光枪、火焰喷射器、死亡靴轮等当年的邪恶作品拿出来拍卖，任市民们选购。黄昏将近，拥挤不堪的巢穴变得空空荡荡，不过还有一个带着按钮的小盒子没有销售出去。麦克迈忘记了它的用处，随便按了一下，却意外启动了自己发明的最强大最邪恶的巨型机器人作品——超级超级大坏蛋（MMM）。面对一身正义战士装束的麦克迈，机器人不认旧主，向其发起了无情的攻击……